金华会的会首徐买儿被官府下了大狱并杀害，徐锡麟这边起义失败，大通学堂的秋瑾已是陷入了极度危险之中。
随着时间越来越紧迫，学堂中的会党们坐不住了，他们召开会议，要求秋瑾提前宣布起义，但为秋瑾拒绝。两天后，会党再次提出要求，仍然为秋瑾所拒，十数人因此而愤然出走，离开了大通学堂。
那么秋瑾何以拒绝行动呢？
很简单，裘文高与徐买儿双双失败，注定了这次起义已经失败。此时没有援军，若是秋瑾发动，只能是让更多的志士枉然送死。
纵然不起事，清廷也不会放过她——然而那只是她一个人去死，却不会拖累其他的志士们。
死则死矣，唯一人做事一人当，因此秋瑾说：
虽死犹生，牺牲尽我责任；
即此永别，风潮取彼头颅。
这一天嵊县的会党首脑人物王金发经过长途跋涉，终于来到了大通学堂，向秋瑾汇报嵊县裘文高的事情。秋瑾留下他吃饭，正吃之间，忽然有学生来报，说是杭州派来的清兵已到，秋瑾命再探，传回来的消息说，清兵去了东浦。秋瑾这才定下心来，继续招呼王金发吃饭，却不料饭还没有吃完，清兵已经冲进了门来。
秋瑾立刻取出手枪，与王金发分头突围，却不料这时候突然有一个人凑到了秋瑾面前：应该发工资了吧？
这个突然跳出来的人，名叫蒋继云，此人混在大通学堂白吃白喝，却总觉得自己为了革命吃了大亏，眼见清兵来袭，就跑来讨要工资。
秋瑾被他缠着，脱不开身，蒋继云却反过来揪住秋瑾的衣襟不放，等到秋瑾一脚踢开他，荷枪实弹的清军已经将她团团包围了。
秋瑾被收入监牢，并被用刑拷问，供词如下：
秋瑾即王秋氏供：山阴县人，年二十九岁。父母都故。丈夫王廷钧。我于光绪二十九年与丈夫离别出洋，往日本游历，与徐锡麟、赵洪富会遇熟识。后我回国，在上海开设女报馆。上年十二月间，始回绍兴。由蔡姓邀我入大通学堂，充当大通附设体育会教员。与竺绍康、王金发均属要好，时常到堂，已有月余，也系熟识。今日闻有营兵前来拿捕，当即携取手枪、皮包，就想逃走。不料堂内开枪，兵勇等亦开枪，并将我连枪拿获。又论说稿数纸、日记手摺一个。此稿是我所做，手枪亦是我物。我已认了稿底。革命党的事，不必多问了。皮包是临拿时丢弃在堂。至赵洪富、竺绍康、王金发现逃何处，不知道是实。（下有指模，注明：右手二指。）
志士秋瑾的供词，读来让人哽咽，可是那怪人蒋继云的供词，读起来却让人忍不住发火：
监生蒋继云即子雨供：年三十三岁，金华人。父蒋贤选，曾任玉环守备，光绪三十年交卸。母陈氏，弟兄四人。娶陈氏，生一子。光绪三十二年，在杭州与缙云人吕凤樵遇面熟识。五月里，吕凤樵荐监生到上海秋先生处谋事，给我盘费洋十元。到上海客栈遇秋先生，投递吕风樵荐函。
秋先生要叫监生到湖南劝捐，是监生不肯。因见客栈同寓的，都是西装，陈墨峰亦在内，秋先生行为叵测，时露破坏主义，住了一夜，就回杭州了。听说秋先生是叫竺绍康即酌仙（又叫牛大王），同到湖南募捐，捐到银子不少。王金发初四这一天上午，到过大通学堂。秋先生告诉他风声不好，催他逃走。他们各省均有大头目，浙江的大头目，要算秋先生了。他的党羽不知多少，闻说已纠合五六千人。秋先生于无意中把人拉做朋友，他就把悖逆诗词论说叫人抄写，秋先生得了凭据，都不敢不依他了。金华人张伯谦，即张恭，是个内地的头目。绍兴人陈伯平即陈墨峰，是个大头目，最热心，不怕死，与秋先生最要好的。秋先生在上海开女报馆，邀陈墨峰主笔。陈墨峰能制炸弹的。前年冬天，北京车站炸弹，是秋先生同谋的。秋先生送吴樾到北洋，吴樾愿死，预先立下愿书。张兆卿能制炸弹。孙文来往踪迹，他都知道的。所供是实。
志士秋瑾就义，监斩官是山阴知县李钟岳，几天之后，李钟岳自杀。
他无法承受杀害像秋瑾这样千秋义烈的心理压力。
事实上，秋瑾被害，引发了国人的极大愤怒，因为中国历史上再也找不到如秋瑾这样臻于完美的爱国志士，在她的身上寄托着国人不知几许期望，几多景仰，杀害秋瑾，清廷已无异于判决了自己的死刑。
秋瑾生前有词云：
片帆高挂渡苍溟，回首河山一发青，四壁波涛旋大地，一天星斗拱黄庭，千年劫烬灰全死，十载淘余水尚腥。海外仙山渺何处，天涯涕泪一身零。
闻道当年鏖战地，至今犹带血痕流，驰驱戎马中原梦，破碎河山故国羞，领海无权归索莫，磨刀有日快恩仇，天风吹面冷然过，十万云烟眼底收。
秋瑾的才情，倾动天下，她身死而后，国内各媒报不顾禁令，纷纷向朝廷发难。
上海《中外日报纪事》云：“绍兴官吏率兵搜捕大通学堂时，嵊县匪首竺绍康、王金发正去府城内中，官吏纵之不问。而先捕学生与秋瑾，指为通匪，其命意何在？真令人百思不得矣。”
《时报》云：“浙省官场，因外间人言喷喷，群为秋女士讼冤。大吏授意某某，求秋女士书函等件，仿其笔迹，造通匪等函件，以掩饰天下耳目。此说若真，官吏之用心，不可问矣。”
《文汇报》云：“绍府贵守，无端杀一女士，竟无从证实其罪，是诚大误。初指其与徐同党，后因不能搜得实据，故出示称女匪平阳党首领云。”
另有报评论《秋瑾有死法乎？》略云：“浙吏之罪秋瑾也，实为不轨、为叛逆。试问其所谓口供者何若？所谓证据者何若？则不过一自卫之手枪也，一抒写情性之文字也。果然，则仅得一违警罪而已。嫌其失实矣。乌得而杀之？如是而出于杀，则有以知政府之为此，非出于政治问题而出于种族问题。”
清廷杀害秋瑾，无异于开罪天下，一时之间，《浙绅之对于党狱》、《责难浙绅篇》、《对于秋瑾被杀意见书》、《敬告当道诸君》、《敬告浙抚张公》、《敬告全浙士绅》等文章纷纷发表，强烈抗议并谴责清廷“杀我无罪之同胞”的罪行。
秋瑾一案，直接触动了国人之心，为革命党正了名，此后的历史进程，在此时已经不复再有悬念。