18世纪的地质学发现为博物学注入了新的成份。截至到这时，创世的神话似乎可以准确地说明地球及地球上生物的起源。然而，这时如果谁表明地球的历史很悠久，而且注定发生过变化，这一定会对《圣经·创世纪》中生命起源的故事产生怀疑吗？一旦考虑到灭绝的化石物种，这种结论似乎是不可避免了。假如化石的确是曾经生活的生物遗迹，那么博物学家就一定会认识到，或者最初创造出来的有些部分已经消失，或者物种可能随着时间发生过变化。无论是哪一点，都会对传统的观点构成威胁，传统观点认为上帝亲自创造了一个世界，上帝为了人的居住，能够保持这个世界的结构。对于基督教的愈加不信任，成为启蒙运动时期的典型特征，因而致使18世纪成为人们首次认真考虑生物变化的时期。（见Glass et al.，1959；Greene，1959a；以及Bo，1911；Ros tand，1932；Guyenot，1941；Ostoya，1951；Roger，1963；以及Callot，1965。关于启蒙思想的一般论述，见illey，1940；Cassirer，1951；hazard，1963；Gay，1966-69；以及hampson，1968。）
乍一看，18世纪进化论的故事应该显得很简单。在这个世纪初，稳态的特创论的自然观地位仍很牢靠。唯物论哲学家随着更为大胆地攻击传统宗教，他们更为果敢地不援引超自然的干扰，探索地球上生命如何起源的解释。他们得出的唯一合理的概念就是自然发生（生命自然产生于非生命物质的结合）和现存生命形态为了对环境的变化作出反应而发生转变的概念。因此，含有我们称作进化成份的理论不可避免地会提出来。这种解释的逻辑几乎要求我们注意那些详细涉及作为现代进化论真正特征的生物变化可能性的博物学家。实际上，唯一遗留的问题是要解释为什么在18世纪末自然神学会复兴，并似乎阻碍了本有希望开始出现的进化论。
实际上，情况要复杂得多。毫无疑问，18世纪的博物学家和哲学家的确试图把握变化问题，而且他们之中有些人的理论表面上很像现代进化论。他们最终未能成功的原因在于他们的探讨在很大程度上被他们的文化环境所限制。18世纪的进化论主要是启蒙思想的产物，这比上面提到的、也是我们可能相信的解释要微妙的多。启蒙运动时期的唯物论有其自己独特的地方，而且并非我们想象的那样与过去一刀两断。而且博物学中的一些最有创造性的发展，是旧的世界观的扩展，并不太像是探索对生命起源的唯物论解释。出于这些考虑，我们就不会感到奇怪为什么18世纪末进化的研究与其他许多启蒙思想一道遭到了舍弃。要在一个建立在不同的自然变化观念基础上的可用框架中确立18世纪的科学成就，就需要有一个新的开端。
米歇尔·福科（Foucault，1970）就是从这种极端的角度看待18世纪的进化论的，他的激进分析否定了历史学家正常争论的许多问题（Guedon，1977）。福科坚持认为，一般人错误地将注意力放在唯物论上，这对于我们理解这个时期的“经典”博物学没什么帮助。当时人们试图根据外在特征来分类自然物；在确定事物的排列时，经由的途径是，根据分类过程所采用的方法来确定可能关系的框架。这样一个系统并不是开放的：根据博物学家在分类事物时所采用的系统的性质，所有可能的形态都是可以预见的。即使认识到地球上图景中的一些成份是后出现的，这也只是意味着已经定下规则的过程本身决定了空缺填补。换句话说，进化只是预定图景的展示。只有到了19世纪早期，当博物学家抛弃了这种对于万物具有合理结构规则的信念之后，才有可能出现达尔文主义，出现一种开放的进化发展观。
福科观点的基本合理性体现在说明那些按照传统的自然神学从事研究的博物学家上，他们认为他们所谓的规则过程直接与神的特创计划吻合。但是我们必须探讨更有争议的问题，即那些表面上采用唯物论方法的博物学家是否依然坚持自然基本上是规则体系的观点。至此，我们需要一个我们自己的框架，来帮助我们理解造成18世纪人们思想矛盾的力量。首先，我们需要将那些多少是明显地在特创论者的体系中产生的发展与那些表面上是作为对特创论体系挑战产物的发展区别开。我们一定要努力确定在17世纪后期阐释的稳态特创论的关键特征，然后才看一下由于博物学的专业问题和普遍增加的对于变化可能性的认识而导致的问题的扩展。毫不奇怪会发现一些在这种传统中讨论新物种的起源，却倾向于设想神的计划的新成份以完全预定的方式出现的观点。然后我们要看一下唯物论者的挑战，并试图确定一下唯物论者在博物学中主要关心的领域。我们将会看到，18世纪极为关心的一些领域，却被达尔文时代的博物学家所忽视。我们也试图寻找某些迹象能支持福科提出的观点：即使最激进的唯物论者也多少会认为自然规律一定以合理的图景在其作用。
设计与变化问题
17世纪后期的博物学家依然期望科学研究能和基督教协调起来。他们坚持物种固定不变的概念，坚持认为每一个物种产生出与自己的类型相同的后代，他们希望通过对自然类型变异的详细了解，会有助于加强物种是神的智慧产物的信念。这种体系中的三种成份需要详细描述，因为它们对于后来进化论的历史产生了重要的影响：a)利用设计的论点来解释每个物种的结构，通常是从生物对特定生活方式适应的角度。b)相信物种之间相互关系的整个图景符合某些可以轻易识别的结构，如存在的巨大链条。c)扩展了亚里士多德的物种固定不变、自然地下分为相关形式的类群的观点，以解决欧洲人在从事世界范围的探索时由于发现了大量新的物种而产生的实际分类问题。
有一种设计的论点，它的基础是每一个生命结构都有其适应目的，这是一个自然神学学派的核心观点，这个学派的最昌盛期是在1700年左右，而且一直延续到19世纪。约翰·雷的那本经常再版的《上帝在创世中的智慧》（Ray，1691）是这种观点最为人知的代表作（R aven，1942；Gillespie，1987）。威廉·德汉姆的《物理神学》（Derham，1717）是另一本流行的著作，而在欧洲大陆，拉贝·普鲁克的《关于自然的猜想》则利用多卷的论述发展了这个主题。尽管有启蒙运动的挑战，在威廉·佩利的《自然神学》（Paley，1802）中仍然存在着类似的看法，而且通过佩利影响到年轻的查尔斯·达尔文。
设计的论点认为，世界的规则和复杂性，特别是在生物结构中体现出来的规则和复杂性，不能通过自然本身建立，必定是由一个智慧的设计者创造出来的。人们经常以钟表和钟表匠之间的关系作类比。没有人相信组成可以工作的钟表的金属零件能〖S S〗组成复杂的形状，因此我们知道一定有一个钟表匠设计和制造了钟表。因为在自然界没有力量能够建造新的动植物物种的结构，因此可以用同样的论据说明造物主的存在。但是，生物的结构不仅说明造物主的智慧和力量，还能证明造物主的仁慈。赋予每一个器官的形态适应于动物生命式样中表现出来的功能，这说明造物主关心他的造物的幸福。我们可以将这称作设计的“功利”论点，因为它假设每一个性状都具备有用的目的。人当然是设计的首选例子，手和眼睛的完美结构似乎最明确地说明我们的身体为了我们的需要是如何创造出来的。首先，存在围绕人建立论据的诱因，那就是提出其他物种的设计是为了人的缘故。例如，马的构造便于人骑，这并不是巧合。那时，这种人类中心说的观点很容易发挥到荒谬的地步，比如，普鲁克就宣称海洋的潮汐是为了帮助船进出码头而设计的。
有些也提出过设计论点的严肃博物学家就认识到，不可能将所有造物都看作为了人的实用而形成的。博物学家在研究过程中发现，许多物种对人来说没有什么价值，然而这些物种也以某些方式表示出它们是造物主智慧的产物。每一个物种都在完美地适应着它们自己的生活方式，从而证实神的仁慈赐予各种造物的观点。例如，注意一下捕食者的具有尖牙利齿，很适合抓捕被捕食者。提出仁慈的上帝创造出的动物只是为了杀死其他动物，难道这不矛盾吗？自然神学能够合理地解释这一点，他们认为从长远的角度看，食肉动物的存在可以减小这个世界痛苦的程度，因为它们清除的是年迈和有病的被捕食者物种成员，并使之尽快死掉。此外，“自然平衡”的观点作为现代生态学的先驱出现了（Egarton，1973）。所有人都认为物种之间的相互作用是一种和谐的设计，以确保整个自然系统的稳定性。假如某些偶然的原因致使某一物种的数量非自然的增加，捕食它的动物本身也会增加数量，不久又恢复了平衡。这样一来，自然神学中就包含了捕食者和被捕食者关系的认识，但是并没有认识到生存斗争的意义。
自然神学成熟地足以面对许多乍一看似乎与仁慈的上帝观点相矛盾的现象，但是一些新的发现带来了问题。为什么会有寄生现象，如肠道蠕虫？它们如何与设计的论点相吻合（Farley，1977）？这属于极少的领域，一些学者认为，自然中有些部分的存在就是要惩罚罪孽的人类。与我们的主题更直接相关的是化石问题，特别是那些今天不再存在的物种遗迹。作为自然神学的首席发言人，雷发现很难接受灭绝的概念。假如上帝的一些造物会死光，我们怎么能继续相信上帝的劳作是完美的呢？为了不摧毁造物是完美过程的观点，雷选择了另一个立场，他否认化石来源于生物。然而随着更多的化石被发现，这种立场显然站不住脚了，而且稳态的创世观也不得不放弃。
设计的功利论点除了提到生态关系外，还将每一个物种视为一种特定的适应例证。然而没人相信理性的上帝会以一块又一块的拼接方式设计他的造物。一定存在某些完整的图景将不同的物种形态连接成为一个和谐的特创方案。相信这样一种方案是生物表面上多样性基础的信念很古老，至少可以追溯到古希腊。按照最简单的形式看，有人认为这种图景是一个存在的巨链，其中从人开始，以阶层体系的形式，向下延伸到最简单的生命形态（Lovejoy，1936）。这是福科想到的一种相互关系为封闭体系的例子。这个链条上的联系是预先决定的，因为需要在两端之间一种连续的关系联系。从逻辑的角度看，人们可以认为，一旦理解了图景的大体轮廓，那么就可以预想到中间类型，即使这些中间类型还不为科学所知。
面对灭绝问题时，存在的巨大链条尤为显得不堪一击，因为按照原来的观点，所有的链都必须存在，要么创造的图景就是不完美的。任何一条链上的灭绝都会摧毁整个链条的对称。唯一接受变化成份的方法，就是承认现这个链条并不是自然的完整图景，链条现在的存在只代表了一种序列，还需经过很长时间才填满这个序列。在地球早期存在的恐怕只是创造阶梯上的低等梯级，此后，生命逐渐攀上了更高的水平。存在链条是“暂时性的”观点成了第一个从进步的角度解释生命历史的观点。一个理论如果它的基础是认为存在向着预定目标的进步，那么它当然就不是达尔文主义的观点。即使强调链条是暂时性的观点，存在巨大链条观也是我们今天所接受的通过多样性导致进步的更公开的观点发展的障碍。在18世纪严肃的生物学讨论中，存在链条的观点是逐渐被剔除的，后来它只是作为诗意的比喻被继续使用着。重要的是要注意，在后来的进化论历史中，更为成熟的线性发展观依然作为替代达尔文主义的理论继续很流行。
根据福科的观点，直到18世纪末，在对自然的理解中才发生了一场革命，从而达尔文的开放发展概念才得以产生。福科还坚持认为，由乔治·居维叶开创的新分类学研究告别了自然规则固定不变的观点，从而使博物学家认识到生命的多样性没有限度。虽然生命的形态建立在一定的基本模式上，但是这些模式适应于每一种生活方式的要求却不遵循任何预定的途径。注意，在福科的观点中，是居维叶，这个进化论的撒旦，创建了达尔文主义世界观的框架。具有决定性意义的是自然形态相互关系的变化，从一种规则的系统变成了一种开放的系统，而不是多样的形态是神设计的还是自然进化产生的这个问题。福科认为所有18世纪博物学的经典观点都坚持形式化的自然相互关系观，即使是不再坚持存在链条的看法。存在的链条是最简单的关于创世规则的想象，而更成熟的分类学只不过要认识同样封闭的相互关系系统中的更复杂的关系。
这对于我们理解18世纪分类学（分类的理论）中所发生的发展带来了一个严重的问题。在1700年之前，有些博物学家，比如雷，就忽视了根据存在的链条来理解实际的物种是如何相互关联的。他们相信有必要从探讨不同物种的相似程度开始，而没有涉及复杂性的阶层体系。一种可以使用的分类系统要以方便的途径表达这些相互关系，并且通过参照与已知形态的相似程度来将新发现的形态放在适当的地方。到了18世纪中叶，愈加需要发明出一种令人满意的系统，这个问题通过引入一系列新的技术而得到了解决。历史学家传统上将这些发展解释为一场为现代生物分类学奠定基础的革命。林奈创立的命名系统是现在依然使用的命名系统的直接祖先。按照〖SS〗理解的林奈系统，它当然是开放的，可以包括非常广泛和预想不到的自然形态。福科则会认为，这却不是林奈本人设想的系统。我们使林奈的技术适应了我们现代的观点，而忘记了最初形成的林奈系统意味着该系统要确定一个封闭的关系图景，以便与神的特创计划相吻合。
有意义的是，当林奈最后承认自然中存在暂时性变化因素的必要性时，他所选择的并不是去强调生物对新环境的适应，而是将杂交作为新种产生的源泉。现存物种之间的杂交为传统的观点提出了一个问题，按照传统观点，每一个自然形态都是在神的计划内固定不变的单位。但是林奈能够通过探讨这个问题作为摆脱由于宇宙发展概念带来的困境。杂种仅是已有性状的新组合，这样很轻易地就符合了自然变化不过是填补已有创世规则中新空缺的信念。虽然结构上有很大的不同，但是林奈的理论与链条暂时性变化的存在巨链观一样，表明18世纪的变化观如何摆脱不了封闭关系系统的藩篱。但是，那些放弃相信自然具有神定规则的人会支持唯物论的哲学吗？他们确实至少能够积极地研究变化吗？这与福科的解释当然很难相符。在唯物论者看来，无需超自然的因素来确保任何特定的物质颗粒结合的稳定性，这就意味着环境可以无限制地决定生物的形态。但是我们不能简单地得出结论：启蒙运动时期的唯物论者已经预先想到了现代的进化学说。唯物论的哲学是通过一系列在以前已经成为关键的问题，应用到博物学研究中的。这种情况决定了他们的思路显然与现代的唯物论者不同，并且防碍了他们与旧的自然是规则的观念彻底决裂。
考虑一下那些探溯自然法则的准确性，以取代以神的创世来解释生命起源的18世纪博物学家可以使用些什么。在多数情况下，这样的法则是按照机械论哲学设想的，随着17世纪物理科学的获胜，产生出机械论哲学。笛卡尔的哲学武断地将世界分成两个部分：一个是精神层面，属于人类精神生活的范畴，一个是物质层面，这个层面上的东西通过感觉传达到人的内心。物质的世界实际上是机械的；所有的变化均由物质颗粒的重新排列而产生。一个动物的身体只不过是一个物理结构，完全受力学法则控制（我们今天会称作机器人）。笛卡尔坚持他的二元论，不承认是特殊的生命力控制着生命体。他的“动物机器”观点成了18世纪许多人思考自然界生命法则的出发点。博雷利1680年发表的《动物的运动》成功地表明从机械的角度如何可以理解骨骼与肌肉之间的关系。然而当涉及到更为基本的生物学问题时，动物是机器的观点产生的问题远远多于它所解决的问题。
最关键的问题是发育或“发生”问题，传统上认为，发育过程通过保证每一个个体以相同的模式形成，从而确保了物种的稳定性。这里，生命物质受特殊的生命力控制的早期信念显得特别合适。亚里士多德曾经提出，在受精过程中，雄性提供决定组织的力量，使雌性提供的被动物质成型，进而创造出胚胎复杂的结构。纯粹的机械力能够精确地起到这么精致的作用，以确保物种的基本形态吗？对于有经验的博物学家来说，一架动物机器，就像钟表的零件一样，能够制造另一个完全和自己一样的机器，这是不可想象的。因此机械论者不得不认为胚胎是在受精卵中预成的，它的成长只是将物质吸收到自己的结构中。威廉·哈维曾经认为所有的动物来自卵，而且卵有时被视为含有一个完整的微型生物的“种源”，或种子。但是这样看仍然解决不了问题，因为不能认为母亲已经在她体内形成了种源。〖SS〗，将要长成她的孩子的种源已经在她的体内了。为了保持这个论点的逻辑性，她的种源一定存在于〖SS〗母亲体内，依此类推，种源一定存在于第一个母亲——夏娃的体内。这种“预成论”（更恰当的叫法，“预先存在的种源”）认为，严格地说，所有人类都是由上帝在最初时创造的，只不过是一个套一个，像一套俄罗斯洋娃娃，等待着一代接一代地被打开（Cole ，1930；Needham，1959；Adelmann，1966；Gasking，1967；Roger，1963；Bowler，1971）。
这样一个看起来荒谬的理论竟然被认真讨论了一个世纪，这似乎有些难以想象。它之所以被认真对待，表明了两个因素的影响，即动物是机器的学说和设计的论点。起先，生物学中的机械论哲学并不一定导致无神论，因为解释动物机器如何形成的唯一方法就是设想动物（或动物种源）是上帝创造的。只有当博物学家新的信心逐渐形成，他们才有希望用唯物论来解释生命的起源。第一步是表明如何可以用复杂的牛顿式物理学定律模式来解释正常的子宫中胚胎的形成；在此之后，才有可能利用同样的论点说明地球上生命的形成。从这种有意对种源理论的挑战中的确产生出一些有关生命起源和发展的重要理论，这些理论有意要替代预先存在种源概念这个事实说明，生命的机械发生仍然是重要的观点。动物是机器的学说和种源的概念决定了18世纪探讨生命起源框架的特点。接下来这种框架的坍塌意味着后来的研究者，如达尔文，不仅漠视这些奇怪的概念，而且不去考虑地球上最早生命的出现这种问题。
博物学家通过以每个生命体是由物理力形成的信念取代种源概念，大体上清除了保护物种固定不变观的围墙。有些博物学家，如布丰，在寻找世界如何能成为现在这个样子的因果解释时，能够分析环境可能经过很长时间对物种造成影响。当时博物学家有充分的理由不愿意放弃生命固定不变的观念。他们在解释胚胎发育时必定要抓住非常严肃的问题：物质如何能够复杂的、有目的的身体结构，并且经过很长世代都保持相似的结构。即使物种的保持不受神的控制，但是真实的事实依然是自然形态并不是无限制地变化不定。此外，分类学家有实践优势提出物种是固定不变的。哲学家可以大胆猜想自然不是稳定的，但是对于那些要为人们提供可用分类系统的博物学家来说，这种立场无异于断送自己的职业。布丰出于这些实际的考虑，清醒地决定通过设想物质只能按照有限的图景排列自己，从而决定了所有动物都属于动物界，而坚持了生命形态固定不变的观点。这里我们看到一个唯物论者是如何被迫向传统的信念妥协，传统的信念认为，在表明上变化的物质世界内部存在着稳定的规则。
相反，有些哲学家，如达朗贝尔男爵，则认为没有理由限制他们根据生物学的事实来进行猜想。在启蒙运动时期唯物论者的著作中，可以发现一些很大胆的进化论观点，他们用进化的观点攻击现存的宗教。他们希望通过动摇《圣经》故事的基础，打击支撑传统道德法规的知识结构。因而尽可能大胆地认为物种没有固定的结构，自然能够通过原子的随机组合创造任何可以想象的形态，而且只有最成功的形态才能生存，这样是有意义的。将这些漫无边际的猜想当作达尔文自然选择学说的真正先驱就错了，然而人们普遍认为，启蒙运动时期的思想家能够得出完全开放变化的概念。
存在的巨大链条
种源学说代表了机械论哲学的保守方面，它试图维持上帝与自然的传统关系。所以我们不会奇怪种源说与另一个古老的概念——存在链条的概念结盟。链条的概念有着悠久的历史，一直可以追溯到古希腊（Lovejoy，1936；Bynum，1975）。存在链条的概念试图将自然看成结构完整的系统，这就意味着这个系统完全是上帝设计的。存在链条的概念始与博物学家的直觉，即生物可以由最高等的（人）往下排列到最原始的，形成一个复杂的阶层体系，该概念认为一种线性的创世方案将两个极端联系了起来。在这个链上，可以将每一个物种排放在一个独特的位置上，与这个物种密切相关的物种分别排在它的上方和下方，通过一系列规则的中间环节，最终将最高等的生物和最低等的生物联系了起来。按照最初的理解，这个链是一个静止的自然排列方案，表明最初的造物和我们今天看到的一样。预先存在种源的学说使人们可以看到上帝是如何保持其方案的结构，因为上帝创造了种源系列，这样能够使每一个物种都可以生殖。最后，查尔斯·邦内和J·B·罗彼耐特这两个将种源学说和存在链条学说结合起来的哲学—博物学家，将这个链条看作随时间发展的方案。在地球的历史进程中，链条上相继的成份一个接一个地显现出来，整个过程是由种源系统预先决定的。洛夫佐伊将这种观点称作链条的暂时性观点，它将时间因素注入到原先静止的方案中。虽然这种观点依然认为所有发展只不过是固定的创设方案的展示，但是它已经是试图把握宇宙变化的观点了。
恐怕最知名的种源学说捍卫者当属瑞士的博物学家兼哲学家查尔斯·邦内（man，1894；Savioz，1948；Glass，1959b；Bowler，1973；Anderson，1982）。邦内因为发现蚜虫的孤雌生殖而出名。这种昆虫的雌性能够在没有受精的情况下自己生殖若干代，这个事实使邦内确信产生出整个世代系列的微型结构一定储存在蚜虫的母体内。他在1762年的《论生物体》和1764年的《自然沉思录》中，发展了一个根据种源概念的理论：种源是个微型体，其中含有一个新生物的整个结构，该生物的所有世代按照压缩原理一个套一个地包裹在一起。邦内坚持认为，根据机械论的世界观，这种系统是必不可少的：自然法则不能将物质安排在生物的复杂结构中，只能将物质填充到由上帝已经创造好的现存结构中。
当然，这样就存在一个问题，尤其当面对遗传事实时。如果一个种类的所有生物都来自母体中所含的种源结构，子代如何遗传父亲的性状？邦内解决这个问题的方式，是认为种源发育的启动需要有精液，这样就可以将父亲的一些独有特征传递过来。最后，他得出结论，种源只决定物种的结构，而不是个体的结构：种源中所含的基本性状只决定该生物到底是长成人，还是狗、马什么的。个体的所有性状是由于种源在成长过程中所吸收的物质产生的，先是从雄性的精液中，接着是从母亲的子宫中。邦内还认为种源并非和成体生物完全一样的微型体，人们不可能通过显微镜来识别它。种源只含有基本结构的轮廓，只有当长大以后才能看清楚，最初状态的种源无异于泄了气的人形气球。
邦内也是存在链条的热心支持者（Anderson，1976）。他相信通过把物种按照亲疏关系排列，就可以组成一个将人和最低等的生命形态联系起来的完美的线性链（见图表）。这样一种排列代表了神的特创计划，而且这个计划的规则性具有很多重要的含义。它再次加强了任何物种都不能灭绝的信念。如果按照计划这个链条是完整的，那么上帝就必须确保不会通过祛除整个图景中的某些部分而使链条变得不均衡。物种是链条上的“环节”，因此它们的结构必须绝对保持固定不变和永恒存在。种源学说为邦内提供了一条途径，使他看到上帝如何能够保持这种绝对的稳定；上帝塑造了每一个物种的种源，因而确保了每一个被封闭的系列都可以生长成一样的类型。
如果造物主按照同一格式塑造了整个种源系列，物种就不可能发生变化。然而邦内的系统具有潜在的可变性，人们也可以根据这个系统提出，造物主塑造了可以在不同历史时期生长的不同种类的种源。最终，邦内相信存在链条并不是稳态的方案，而是随着时间的一步接一步展示导致生命的进步，从链的底端最简单的生命进步到链的顶端最复杂的生命。整个过程是造物主通过他最初塑造的种源的不同系列预先设计的，按照计划，种源的每一个序列，在特定的时间才能显现出来。
图6.存在的链条
这是邦内在1764年出版的《自然沉思录》中提出的关于存在巨链的简单说法。这个链的建立通过的是一系列表面上相似的形态，根据现代的、基于内在结构的分类学，其中的许多所谓相似都是瞎掰。注意一下，为什么有必要确立一个直至建立普遍关系的连续线性图景。虽然后来的许多博物学家认为爬行动物比鱼类高等，但是邦内却按照不同的方式排列鱼类和爬行动物，因为这样才能说明他的由鱼类向鸟类转变，进而向哺乳动物转变的观点。即使这样，邦内也不得不承认在某个关节点链条有分叉的可能，这表明完全的线性排列观点已经开始无力支撑。
邦内在1769年出版的《再生哲学》中探讨了这种普遍进步的观点。有意思的是，普遍进步的观点来源于邦内对基督教的身体复活观点的兴趣，他认为可以通过造物主将第二个种源赋予每一个灵魂，来实现身体的复活。他提出动物或许也有灵魂，限定在它们有限的身体中，并且将来可以在更高的动物身体中复活。届时人类将转向更高的存在层次，而动物将变成人，植物将变成动物。但是为什么将这种复活限定为将来的一个事件？或许在过去每一个灵魂都通过一系列肉体再生过，都通过最初由上帝提供的种源发展过。在每一次再生中，灵魂都要在进一步完美的身体中再现，这样，生命的历史就是，存在的链条从链的远端最简单的身体，逐渐攀升到链的最完美的我们今天人所具有的身体。邦内得出结论，地质上的剧变一次又一次地清除了现存的生命形态，但是能对将来的再生作出反应的种源将会生存下去，而且当环境稳定后能够发展成为一种全新的类群。
邦内就是这样通过存在链条的暂时观得出了生物学上的进步观点。然而，他并没有详细论述种源如何再生，而且他的整个系统也显得很含糊，很难被看作是通向现代进化论的一个步骤。事实上，有些史学家不太看重邦内的系统，认为它通过根据单一的最初起源来理解事物，试图绕过发展的含义（man，1894；Glass，1959b）。当然进步只表示锁定在一系列种源中的神的计划的展示。然而，人们认为后来的一些博物学家在普及进化观点方面起到了一定的作用，但他们也将生物的发展看成是具有预定目标的进步。即使邦内把所有上帝的设计压缩成一个行为，但是他至少与正在兴起的不再援引奇迹干扰自然进步过程的思潮相一致。他对于人们正在加深的对地球的兴趣作出了真正的回应，他利用地质剧变作为新种群产生的途径。事实上邦内已经表明他认识到每一个种群需要适应它们生活时期的环境，这比存在链条的简单线性上升更属于一种有预见的观点。
法国哲学家让—巴波蒂斯·罗宾奈在他的《论自然》（Robinet，1761-66；见MurpSS〗的图景，很像一根绳子。他声称物种只是人的错觉，因为经过详细分析总是会发现一个完整的形态顺序，链条上的任何两个点都是相连的。将连续的分部划分为物种所根据的仅仅是中间类型的稀少，并且得到了那些图方便的博物学家的支持。自然界中不存在物种，只有个体对应着存在链条上每一个可能的环节。18世纪的许多博物学家被这种观点所吸引，乍一看，这种观点也许可以作为进化论的先驱。然而事实上，连续性的观点是旧传统的一部分，只有将其抛弃，才有可能产生出任何类似达尔文主义的学说（Zirkle，1959b）。达尔文并没有摧毁物种概念；他只是重新解释了它；在他的系统中，物种依然是〖SS〗（但不是固定不变）的实体。罗宾奈的看法只能产生沿着预先规划好的形态顺序进步的变化思想，而不是现代的分支进化思想。
罗宾奈接受了生殖的种源学说，但是相信种源分散在自然界中，等待着适合发展的环境。他在书的第四卷中提出，在地球历史的进程中，存在链条上相连的种源一定是相继发展成熟。最初，最简单的种源能够发育，致使生命沿着链条进步，直至产生人类。邦内与罗宾奈的观点中存在着许多差异，但是这两个种源学说的头号支持者都将种源学说与存在链条的进步解释结合起来这一事实表明，即使通过保守的思想也能愈加认识到，在非常古老和不断发展的世界中，人类的出现比较晚。
新分类学
存在链条的基础是相信根据物种之间相似而建立的分类系统会自然地形成一个阶层体系的线性图景。这种观点在18世纪遇到了麻烦，当时的研究表明，越来越多的物种难以这样分类。这时对多数博物学家来说，自然太复杂，不可能以一种简单的线性图景来描述。人们需要一种更为灵活的表示生物之间关系的方法。
首先必须确立分类系统的基本单位。可能有人会提出自然界只存在个体生物，不能将它们归为明确限定的类群，罗宾奈就是这样做的，他提出存在链条是连续的观点。然而，不必认真观察也能发现，多数地方的生物个体属于某一特征明显的类群，传统上称之为“物种”，物种可以作为分类的基本单位。不过，博物学家也认识到，真实的物种状态，并不能总是容易地确定自然类群。约翰·雷在试图解决这个问题时提出，不能根据微小的区域差别来打破上帝最初创造的真实物种的基本单位。如果发现某些形态与已经知道的形态略有差异，就算作新的物种，这样做是荒谬的。这种差异可能是由于区域的环境连续作用于原来形态的缘故。不过造物主会确保这些变化不至于使他设计的形态变得模糊不清。这样就区分了作为由上帝创造的真正实体〖SS〗，与由于条件变化在种内形成的〖SS〗（Ray，1724；Raven，1942；Sloan，1972）。
接受了物种是真实的和固定不变的观点后，人们就可以着手解决不同形态之间表达自然关系的难题。雷在这一方面作出了重要的贡献，但是现代分类系统是由瑞典博物学家卡洛鲁斯·林奈建立的。林奈要绕过关于机械论哲学的无意义争论，通过确立不同生命形态之间真正的关系，带来了生物学上的革命。假如物种是上帝创造的，人们可能会设想理性的上帝大概会根据有意义的规则——对此只有人本身才可能有希望理解——形成这个世界。林奈相信他受到特别的恩典，可以看到造物主计划的轮廓，而他对这个计划的努力描述将成为新生物学的基础。他在《自然系统》（Linnaeus，1735）中大致勾勒了他的技术，《自然系统》最初时是一本很薄的小册子，几十年之后变成多卷本的经典，并使它的作者成为世界名人（，1971；Larson，1971；Stafleu，1971；Broberg，1983；Fr？ngsmy r，1984）。
林奈自然哲学的核心还是上帝设计的概念。我们可以将物种分成有规则的体系这个事实恰好证明理性造物主的存在。对于相似物种〖SS〗的关系，我们今天视为共同进化祖先的依据，但是按照林奈的神的计划观，相似物种只不过表明它们是上帝设想出来的。然而这个世界不只是一种形式上相互关系的图景，它在实际中还要起作用。正如自然神学所强调，造物主设计每一个物种适应其特定的生活方式；但是林奈及其追随者对于我们今天称作生居同一地区物种之间的生态关系更感兴趣。总的来说，每一物种在其生活中都是独立的，上帝通过设计一系列的检查和平衡机制，使每一物种的群体保持在一定的水平，从而确保了系统的长期稳定。于是，“自然平衡”观得到维护，物种之间的关系，其中有些部分后来认为是生存斗争的关系，也被融合到自然神学中（Bilberg，1752；Egerton，1973）。由于这些原因，物种当然既不能变的脱离了严格的界限，又不能灭绝，因为那样不仅会搅乱特创计划，而且还会破坏自然平衡。
由于相信神的特创计划，博物学家就必须去发现和描述这个计划的结构。起点自然是将那些明显相似的物种划归为更高水平的类群，叫做“属”，然后再根据更基本的类似，将属归类，依次进行。但是我们怎样确定相似的程度？必然会提出在造物主的计划中，〖SS〗关系都有含义；因此一个真正自然的分类系统将考虑每一物种的所有性状。林奈相信建立这样一种自然系统是他的工作目的，虽然他在学术生涯的开始，为建立自然系统得到太多的大量信息，使他无从下手。他决定作为准备阶段，要先根据单一性状的相似，建立“人工系统”。这样并不一定得出完美的排列，而是得出特创计划的大致轮廓，将来随着经验的需要，还能作进一步的修改。在林奈自己的植物学领域，他根据卡梅拉琉斯1694年发现的植物性别，以生殖器官作为他的系统所依据的关键性状。这并不是一种人为的选择，因为生殖器官代表了物种结构的保持。
林奈人工系统的成功依赖于可以方便地将任何物种排列在正确的位置上。植物界分成若干纲，每一个纲又分成若干目。要确定一种植物所属的纲和目，只需数一下它的花上的雄蕊和雌蕊。将目分成属和种则要根据更详细的观察，要考虑花型和花的大小。在动物学中也引入了同样的分类，林奈在动物界中确定了6个纲。现代生物学家发现有必要极大扩充林奈的分类阶元，于是，属首先要组成科，然后再组成目和纲。下面的图表是经过现代改造的动物界的林奈系统，其中种组成属，属组成科。从这个图表上还可以看出林奈的另一个创新，“双命名法”，即用两个拉丁文名字表示一个物种。第一个名字表示属，第二个名字表示种。根据国际惯例，所有植物的命名始于林奈的《植物的种》（1753）和他的《植物的属》第五版（1754）。动物的命名始于他的《自然系统》第十版（1758），他在这本书中第一次用双命名法命名所有已知的动物。
图7.分类与双命名法
这个图表中所列举的物种，对于那些即使没有受到过生物学教育的人来说，也是熟悉的。这里列举的例子是属于两个科中的四个属：注意一下非常相近的物种是如何归入同一个属，而具有明显相似性的属归入同一个科。犬科和猫科属于哺乳动物纲中的食肉目。
林奈的系统并没有试图根据线性或链条形式表示物种之间的关系。实际上他的系统根本没有从本意上的“阶层体系”角度暗示物种按照等级排列。现代的生物学家根据不同的方法，将林奈的系统变成阶层体系的排列（更基本的类元给人的印象是更“高等的”，因为其中包括了更低等的类元），但是这种系统摧毁了存在链条中暗含的高等—低等排列，这种排列的根据的是人们对于生物组织复杂性的认识。有些向往自然系统的博物学家仍然相信线性排列是可能的（例如Adanson，1763）。但是林奈实质上是一个现实论者者：假如造物主的计划显然不是一个线性的图景，那么就要按照任何看起来像是自然的方式，确立物种之间的关系。在上面的图表中，事实上猫排在狗之上仅仅是由于偶然，不同动物组成的科中，任何动物都不比其他动物明显“优越”。任何物种都不会只有两个较近的亲戚，一种在上，一种在下。尽管物种的关系在每一种情况中会有不同，但是每一物种都会有很多近亲。这样一种关系系统不能表述为一纬的链，至少要求有二纬。林奈事实上在一张地图上画出了物种关系与相应国家之间的联系。
最初有人提出，物种之间的近缘关系只不过是上帝计划的一个正式的部分，但是建立这种偶然联系程度的相似性非常明显，诱使博物学家猜测属的形成是否就是因为一种单一的原型逐渐地分成一些密切相关的类型。林奈最初坚决地否认这种看法，但是他最后则承认一个属中的种由于不同环境的作用会呈增殖这个概念。或许由于没有充分认识到这样作的全部后果，他因此动摇了关于种和变种的区分。在有些情况下，区域的条件能产生很大的作用，使变种最终成为一个明显的新种。于是，如何能说清楚哪个物种是上帝原创的，则成为一个非常棘手的问题。
通过外界条件的作用产生新物种当然是一种进化，但是当时认为物种的增殖也可能是由于其他机制，林奈更加强调这一点：杂交（Robert，1929；Glass，1959b）。物种一般产生出完全一样的类型，但是不同形态之间的类型进行杂交，产生的类型就不一样了，骡子就是最为人们所知的一个例子，当然骡子是不育的，并不是由于马和驴的杂交直接产生的一个新种。但是林奈和他的学生最后还是相信，在植物界，两个物种可以杂交，产生出本身可以生殖的一种杂种。因为这个杂种与双亲不同，因而会构成一个新种。发现的第一个例子是云兰属植物中的一个新种，这是林奈的一个学生发现的，命名为Peloria(Rudberg，1752；mann，1756)。林奈在其1756年所著“论植物的性别”（收录在Linnaeus，1749—90，卷10）一文中提出，在上帝最初的创世中，每一个属中只有一个种作基础，属中种的增殖是自然的杂交过程。
图8.林奈的杂交体系
A，B和C是最初创造的物种，而且一直保持着正常的繁衍。在某一时间，B的雌体接受来自A 的花粉而受精，产生出杂交物种B1，然后B1又正常繁衍。林奈相信，在这种杂交中，母本将决定杂种的基本性状，而父本只对一些表面性状有影响。在这个案例中，杂种属于和B属相同属中的一个新物种。后来B的雌体又与C的雄体杂交，产生出第二个杂交物种B2，B2也是B 属中的成员。当然，如果A和C的雌体与其他物种的雄体交配，也可以产生出它们自己的杂交变种。A－B－C的顺序并不代表一个存在的链条，所以，任何原初类型都可以与其他类型杂交，产生出同一属中全新的新物种系列。
其他学者则入认为，林奈所指的杂种只有略微的变化，或者是不育的形态（K？lreute r，1761—1766；Adanson，1779）。尽管人们一般都承认通过杂交有可能产生新的种，但是直到今天才真正接受这种看法。林奈探讨杂交现象作为物种数量增多的方式这个事实表明，对于18世纪涉及生命起源问题的人来说，有很多选择。他相信自然的基本结构仍然是上帝创造的最初遗传形态决定的，但是通过杂交的自然过程，无需神的干涉，就可以填补了上帝计划中细节上的空缺。至少自然的有限发展是可能的，而分类系统要反应真正的、而不是形式上的关系。
新的发生理论
虽然林奈的系统在实际应用中颇有建树，但是他试图使博物学家远离机械哲学的努力并没有取得特别的成功。一直有人热情地试图从物理学角度解释生物是如何活动的。笛卡尔的最初方案强调需要探讨宇宙中任何结构的机械起源，也有人提出了解释地球起源的理论。一些更激进的思想家注定会有野心把生命的发生也包括在机械论的纲要中，挑战上帝创造预先存在的种源学说。抛弃笛卡尔自己的物理学，赞成牛顿的物理学，这样最终对于整个笛卡尔纲要是有利的。因为牛顿已经提出了神奇的万有引力，万有引力可以通过一定的空间距离起作用，这时，这种构成“机械”系统的概念更加成熟。身体不再只是钟表上的零件，身体可以受到更复杂的（但仍然是物理学的）力量控制。一旦用牛顿的新物理学猛攻法国文化的堡垒，就会有人首次努力通过自然力解释发生。
如果生命体是由自然力、而非预先存在的种源形成的，那么就可能提出许多观点。按照邦内的理论，上帝创造出一系列种源，保证了物种的固定不变，但是假如发生是一种物质过程，这种保证就不会存在。如果亲体发生了变化，那么通过新胚胎形成的过程，是否有可能将这种变化传递下去？而且假如这种“获得性”遗传了许多代，难道不会改变整个物种的结构？除了自然转变之外，还有更令人激动的前景：解释地球上生命的起源。如果可以用物质过程解释一般的发生，难道我们不能设想，在某种特殊的情况下，自然力可以直接作用于非生命物质，产生出生命？生命从非生命物质的“自然发生”是唯物论纲领的最后目标，因为这种观点便把上帝彻底排除在直接控制整个世界之外。
在通向唯物论解释生命起源的路上，德梅耶特迈出了一步，他在《特耶梅德》中提出的地球理论中，首次完全放弃援引创世和大洪水。这本书虽然出版于1748年，但是完成的时间却早于笛卡尔物理学只是简单地使种源理论完全不可能成立。德梅耶特坚持用唯物论的观点，他不认为地球形成之后生命有一个神奇的开端。相反，他采纳了一种种源学说的看法，认为种源独立存在，并且扩散到整个宇宙。正常的发生是由于一个适当物种的种源发现了可以进入一个能够作为其母亲的母体子宫的途径。在地球上有生命之前，广阔的古海洋的水有可能为种源的成熟提供一种环境。每一物种的最早成员并不是通过奇迹形成的，而是通过那些找到在地球上生存的种源的自然发展形成的。
德梅耶特通过提出种源随着生长适应了不同的环境，从而抛弃了奇迹，并且部分绕过设计的论点。他也曾试图通过提出种源伴随宇宙一直存在，即种源是永远存在的，而避免假设种源本身的超自然起源。极端的唯物论哲学家拉美特里也在倡导一种类似的生命起源学说。然而即使这种改变了的种源学说，按照唯物论的框架，也不是真正合适的。因为每一种生命的机构主要来源于它的种源，因此人们仍然会问种源是如何形成或“设计的”。提出种源像宇宙一样的永恒只是回避这个问题。因为仍然需要某些东西，而不仅是自然法则，来解释生命的起源，而这种“某些东西”，即种源，依然有可能是神创的。只有彻底抛弃种源观，用物质本身来解释生命的起源，才有可能完全坚持唯物论的立场。