蔡元培先生在“五四运动”中热情支持爱国学生，这是大多数人所熟知的，但他在“九一八事变”后的学潮中被学生殴打一事，却为人少知。
蔡元培，字鹤卿，号孑民，浙江绍兴人，生于同治七年（1868年），祖父及父亲两代均为商人，但在他十岁的时候，父亲不幸病逝，家境由此中落。蔡先生的母亲性格刚强，靠着家中原有的一点积蓄，多年来节衣缩食、含辛茹苦地将孩子抚养成人，殊为不易。蔡元培先生从小接受的是中国的传统教育，在科考路上也是一帆风顺，十六岁中秀才，二十二岁中举人，二十五岁便考中进士、点庶吉士，进翰林院，两年后散考授编修之职。
少年才子，科试连捷，中进士，点翰林，任编修，前途无量，风光无限，古往今来有此幸运者并不多。功名乃古代读书人第一等大事，若幸而得中，必多加夸耀，但蔡元培先生在其自传中竟然不置一词，其淡泊如此。
蔡元培先生的科场连捷得益于他的奇特文风，当时人称“怪八股”。原来，蔡元培在写作中常用古字并善引僻典，文章隽永古奥，大异于当时流行的八股文风，结果反而给考官留下了深刻印象，后来很多士子也模仿他的写法，以为终南捷径，殊不知，这东西多了就不值钱，所售者并无几人。
“怪八股”只能说明蔡元培从小就不是一个因循守旧的人，但真正让他抛弃旧学的，是中国在甲午战争中的惨败结局，这一年也是他被授编修、初入宦途的第一年。甲午奇耻，令众多的士大夫开始反思并转向西学，蔡元培也是其中之一。正因为如此，蔡元培虽未与康梁等人结交，却被保守派视为康党。在1898年戊戌政变失败、“六君子”被杀后，蔡元培也就心灰意冷，回到了家乡绍兴。
绍兴当时正好成立了一所中西学堂，蔡先生是翰林出身，于是被家乡父老推荐为学堂监督（即校长）。两年后，因他的夫人不幸病逝，前来给他提亲的人几乎踏破了门槛，在烦不胜烦的情况下，蔡元培开出了五项征婚条件：第一，女子必须不缠足；第二，必须识字；第三，男人不许纳妾；第四，丈夫死后，女人可以改嫁；第五，夫妇如果感情不相合，可以离婚。
这五项条件现在看来实属正常，但在当时，那可是惊世骇俗，然蔡元培的态度十分坚决，同意则来，不合则去，这倒也减少了很多无谓的骚扰。直到一年之后，蔡元培才觅得佳妻，在结婚那天，他还别出心裁地变革了婚礼旧俗，不闹洞房搞演讲，内容是：男女平权、男女平等。
1901年秋，蔡元培来到上海就任南洋公学特科总教习一职。南洋公学（上海交通大学的前身）系盛宣怀1896年在上海徐家汇开办的新式学校，主要以培养铁路等科技人才为主，而特科班则是为清廷即将进行的经济特科考试做准备，后来的民国达人如邵力子、李叔同、黄炎培等人都成了蔡元培此时的学生。
在此期间，南洋公学发生了一次学潮，即“墨水瓶”事件。事件的原委是某守旧教师在上课前发现师座上有一只墨水瓶，其认为是学生有意捉弄，结果校方将某位可能是无辜的学生开除，进而引发其他学生抗议，而校监督汪风藻进将这些学生一并开除，最终导致全校大部分学生愤而退学。特科班总教习蔡元培和其他几位老师支持了学生的行动，也随后辞职并组织了“爱国学社”接收这些学生，并请章太炎、吴稚晖等新派人物担任教师。
此后，蔡元培的思想一度转而激进，他在上海发起中国教育会，其团体虽未直接造反，却已萌发反意。在1905年日俄战争期间，蔡先生更是剪掉辫子、脱下长袍，与年轻学生一起搞起了军事训练，上海的拒俄运动、《苏报》、《俄事警闻》（后改名为《警钟日报》）等，也在他的参与下搞得有声有色。1904年，光复会成立，蔡元培为创始人之一，1905年同盟会成立后，他也随即加入，成为双料革命元老。
蔡先生曾回忆说：“自36岁（1902年）以后，我已决意参加革命工作。觉得革命自有两途：一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是下暴动的种子。”特别是在拒俄运动期间，中国教育会和爱国学社的师生在张园集会，蔡元培更是“公言革命无所顾忌”，人称“翰林革命”。
《苏报》案发生后，章太炎入狱三年、邹容瘐死监中，蔡元培也于1907年开始游学欧洲，以避其锋。在德国的四年中，蔡元培编著了《中国伦理学史》，在学术上更进一尺。1911年武昌起义爆发，蔡元培返回国内并被推为南京临时政府的教育总长。袁世凯就任中华民国临时大总统后，蔡元培及宋教仁等几位国民党阁员决定退出内阁，袁世凯亲自挽留，说“我代表四万万人坚留总长”，蔡元培则代表国民党阁员彬彬有礼地答道：“元培也对于四万万人之代表而辞职。”袁世凯见其去意已决，只好勉强同意。
辞去总长一职后，蔡元培再度出洋，直到1917年受邀担任北京大学校长职务才返回国内。北大源于京师大学堂，原为旧官僚晋身之所，这些人一心想着升官发财，学风尤其恶劣。当时京城的八大胡同便有“两院一堂”的说法，所谓“一堂”者，指的就是京师大学堂，因为其师生常光顾这等烟花之地而闻名也（后来陈独秀亦有此习）。
蔡元培上任后，即主张“大学学生，当以研究学术为天责，不当以大学为升官发财之阶梯”，他在给汪精卫的信函中也曾说：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。”由此可见，蔡元培开始提倡“教育救国”理念并希望学生专注于学问，但对于政治运动，他仍旧未予取舍。
第一次世界大战结束后，教育部特令北京的各学校放假庆祝，后由半天延长至数天。1918年11月14日下午，北京学界举行游街大会，教育总长还特意安排在天安门附近搭建一座高台，以供检阅与演讲之用。由于这次“游街”游得特别的好，蔡元培校长在兴奋之余，又向教育部请求延课两天，并希望借用天安门的那个临时高台，以供北大教授们公开演讲。在这两天里，蔡先生每天都去演讲一次，其他文理科学长教授也都陆续登台，在剧烈的冷风中向大众讲演，几至喉咙嘶哑为止。
在这段时间，蔡元培先生的确十分兴奋与热情，他公开号召学生走出校园，积极参与到国家与社会的活动中去，并对不参与提灯游会的学生施以连坐惩戒，这对北大学生后来热心社会活动的风气无疑起到了推波助澜的作用。
希望越大，失望也越大。1919年5月2日，在巴黎外交失败的消息传来后，已得知内情的蔡元培在思考再三后，将罗家伦、傅斯年等学生代表请到家中，告知此事。由此，原本在“五七”国耻日的游行提前到4日爆发，即震惊中外的“五四运动”。
在学生被捕之后，蔡元培邀集北京13所大专院校的校长在北大开会，并当场表示：为使学生出监狱，他愿意“以一人抵罪”。随后，他便带着校长代表团前往警察厅、教育部等部门请愿，要求立即释放被捕学生。在连续奔波了两日后，被捕学生终于被释，而蔡元培也在各种反对势力的压力下发表辞职声明，大意为：第一，我绝对不能再做那政府任命的校长；第二，思想自由是世界大学的通例，我绝对不能再做不自由的大学校长；第三，北京是个臭虫窠，我绝对不能再到北京的学校任校长。
在未获教育部批准之前，蔡元培便遽然离京南下。临走前，他留给北大师生一纸启事：“吾倦矣！‘杀君马者道旁儿也’。‘民亦劳止，汔可小休’。吾欲小休矣。北京大学校长一职，已正式辞去，其他有关系之各学校、各集会，自五月九日，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。”
“杀君马者道旁儿”，语出《白虎通义》，这句话的大意是“你的马儿跑死，全因道旁欢呼喝彩的人太多，结果马就在被鼓励的状态底下，疲于奔命，死掉了”，有人说，这是蔡元培在自嘲；许德珩则说，这是蔡元培在嘲讽当局；罗家伦没有给出结论，仍称之为谜。所谓“爱之者即害之者”，这对蔡元培校长和爱国学生来说，可能是双重的意思。
可惜的是，北京的风潮非但没有因为蔡元培的辞职而平息，反而引发了一场更大规模的“挽留蔡校长”运动，以至于教育部新任命的校长无法到校。在这种情况下，蔡元培于当年7月回北大复职。
在南下途中，蔡元培给北大学生写信，他先肯定了同学们的行动并认为此举“纯出于爱国之热诚”，但返校后，蔡元培尽可能地劝告学生应以“学术救国”，不可常为救国运动而牺牲。他指出：“吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几；得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础；而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎？”“诸君唤醒国民之任务，至矣，尽矣，无以复加矣！”
这段话或许反映了蔡元培当时的矛盾心理。在“五四”之前，蔡元培是支持学生运动的，因为他认为当时的政府在国难面前无所作为或者不可信任，这才需要学生奋起、有所作为，正如他事后说的，“五四运动是社会的各方面酝酿出来的。政治太腐败，社会太龌龊，学生天良未泯，便不答应这种腐败的政治，龌龊的社会，蓄之已久，进发一朝，于是乎有五四运动”。
作为一校之长，蔡元培先生曾亲身经历了清末到民国初的数起学生风潮，他也深知其中的危害并告诫学生说：“我还记得二十年前革命主义宣传最盛的时候，学生都怀着革命的思想，跃跃欲试，就在学校里而试验起来。说是学生是学校的主人翁，譬如一国的国民；教职员是学生的公仆，譬如国家的政府；国民可以革政府的命，学生就可以革教职员的命。那时候长江一带，这样试验革命的学校，不知多少。导火线都很简单，大半为记分不公平或饭菜不好等小问题，反对一个教员或一个庶务员，后来迁于全体教职员，闹到散学。”
事实上，几乎所有的大学校长在“五四”之后都会遇到这样的问题，燕京大学校长司徒雷登就曾在回忆录中说：“我在中国的一生中，看到了学生生活中那种被形象地称之为‘学潮’的不良现象。那些都是有组织的行动，它们通过爱国主义的示威来获得力量并巧妙从中发挥了最有效的作用。在全国各地好斗的学生发现了这种组织起来的力量之后，他们就开始把罢课作为解决他们真正不满或者自认为不满的手段，从校长的个性到饭菜的味道等一切问题都可以成为他们罢课的借口。一旦听人演讲，受人煽惑，或者被人加以巧妙地利用，那么即使那些最循规蹈矩、最友好的学生也会不顾一切地参加群氓运动，而且如果处理不当，就很容易出乱子，以致出现不可收拾的局面。幸运的是，我们燕京从没有发生过一起无法控制的学潮，不过也几乎到了爆发的地步。这使我产生了一种害怕群众的心理，尤其是风潮影响到那些本人有弱点并对社会有所顾忌的中国学生时，我更害怕。”
不过，民国时期的燕京大学并没有像司徒雷登校长说的那样风平浪静，譬如他上任之时，正是“五四”高潮时期，当时因为被捕学生释放（其中就有汇文大学即燕大前身），他学校的学生都欢迎释放学生去了，使得他的上任演讲吃了个闭门羹。而且，在1935年的“一二·九运动”中，燕京大学的学生也是毫无疑问的主力。
可能是因为年龄、地位、阅历的变化，蔡元培先生对于“五四”之后的学生运动持明显的不赞成态度。1920年冬，他在湖南长沙的演讲上就指出：“五四以后，社会上很重视学生，但到了现在，生出许多流弊。学生以自己为万能，常常想去干涉社会上的事和政治上的事。不求学专想干涉校外的事有极大的危险。”蒋梦麟后来在回忆中也提到：“至于北京大学，他认为今后将不易维持纪律，因为学生们很可能为胜利而陶醉。他们既然尝到权力的滋味，以后他们的欲望恐怕难以满足了。”
不幸而言中。1922年10月，北大发生了“讲义费风潮”，学生们以请愿的方式要求学校废止讲义费，一度闹得很大。蔡元培对此极其反感，他甚至冲到人群的面前愤怒地说：“我和你们决斗！”在风潮不息的情况下，蔡元培愤而提出辞职，并称：“废止讲义费之事甚小，而破坏学校纪律之事实大，涓涓之水，将成江河，风气所至，将使全国学校共受其祸。言念及此，实为痛心。此皆由元培等平日训练无方，良深惭愧。长此以往，将愈增元培罪戾。”尽管此事以校方退让告终，但蔡元培仍旧于次年辞去校长一职（因教育部代理部长彭允彝干涉司法独立一事），由此离开北平，再未回去。
在“二次革命”以后，蔡元培先生的思想已经从革命转向了改良，譬如他对孙中山以“护法”为旗帜另立南方政权之举就不甚以为然，一度还引起了国民党人的非议。“五四”之后，蔡元培对各地学生竞做爱国运动的现状甚为担忧，他反复重申“救国之道，非止一端，根本要图，还在学术”，但由于国内外局势的压迫和不断恶化，他的话显然不入学生之耳，甚至与学生几成对立之势。
1928年后，蔡元培开始专任中央研究院院长，原本与教育界脱离直接关系，但在1931“九一八”事变后，国民党中央政治会议决定设立“特种教育委员会”并由他出任委员长，这使得六十岁的蔡先生再次被推到了学生运动的风头浪尖。
12月14日，蔡元培在国府做报告时称，国难期间，学生之爱国运动决不能荒废学业，“因爱国而牺牲学业，则损失的重大，几乎与丧失国土相等”。但就在第二天，北方各校南下的示威学生与南京本地学生五六百人便来到中央党部门前示威请愿，一时间群情激奋，局势几近失控。不久，蔡元培和陈铭枢被委派出来接见学生，但令人震惊、不可思议的事情发生了，蔡元培先生还没说上两句话，即被学生拖下殴打，陈铭枢也被学生用木棍猛击头部，当场昏厥。
当天的突发事件，报纸上是这样记载的：“蔡年事已高，右臂为学生所强执，推行半里，头部亦受击颇重”，后被解救送往医院，所幸无大碍；示威团则在《告民众书》中描述说：“庄严而华丽的外交部被群众捣毁了，外交部的招牌被粉碎了，国民党的旗帜也被扯了下来！”（又至中央党部）“蔡元培和陈铭枢出来接见。蔡答复质问，我们第一个质问：为何北平市党部压迫反日运动。蔡答应查办北平市委。我们回答他说：北平市委是受中央党部领导的，他的错误中央党部应该负责。……我们认为，现在整个国民党是欺骗群众的，屠杀群众的，出卖群众的帝国主义的走狗政党，我们要从此拒绝他们的狗东西欺骗我们，要高呼打倒！”我们“捣毁了中央党部的窗子，打僵了蔡陈两个走狗”。
党国要人邵元冲在日记中称：当时里面正在开中央临时常会，蒋介石提出辞职，获得通过。学生“夺门而入，逢人即殴，遇物即毁，并劫去守卫枪支，欲加放射，中央工作人员以忍不与较，受伤颇多。常会乃推蔡孑民、陈真如两君前往答复，即为暴徒攒殴，并将蔡拽去，中途始释，陈亦受伤倒地。……当时中央工作人员以自卫计，不能再忍，乃截捕暴徒十一人，……嗣右任、稚晖不予深究，乃稍加训导，遣之归去”。蒋介石在日记中愤恨地说：“学生之横狂如此，而先辈诸书生，犹主宽柔纵容，将使全国秩序不定，陷于无政府态度矣！”这已经开始露出杀机了。毕竟，一个为人尊敬的教育界元老、一个国民上将，被学生如此暴烈的行动对待，确实有点说不过去。
事后，蔡元培对新闻界发表谈话说，他理解学生忧患国难的情绪，但对于“学风沦替”的现状深表忧虑。12月17日，事态非但未平息，反而进一步扩大化，南京、北平、上海等地的学生数千人于当天举行联合大示威，再次包围国民党中央党部并将悬于大门口的党徽、岗亭布告栏等砸毁，绑架了门外警察及党部职员7人；下午，又将《中央日报》报社捣毁并放火焚烧。由此，国民政府出动大批警察及宪兵进行镇压，并在珍珠桥附近打死打伤学生30余人，逮捕近百人，史称“珍珠桥惨案”。
蔡元培先生并不是第一个挨学生打的中央大员。早在9月28日，南京、上海2000多名学生到国民党中央党部请愿时，因为当时下着倾盆大雨，交涉又不得结果，结果转到外交部并闯入部长王正廷的办公室。王部长在应答不及之时，已经吃了学生两记愤怒的耳光。事后第三天，王正廷便辞去外交部长一职。多年后，王正廷回忆说：“我在外交生涯中，有一桩最得意的事，也有一桩最倒霉的事。最得意的是拒绝在巴黎和会上签字，受到全国人民的高度赞扬，自己也感到扬眉吐气。最倒霉的是‘九一八’事变后代人受过，被请愿学生打了两记耳光。”与此同时，施肇基大使也在巴黎遭到了同样的待遇，他在被学生代表打伤并受侮辱后愤而辞职，同时辞职的还有代理外交部长顾维钧。
梁漱溟曾评价说，“蔡先生一生的成就不在学术，不在事功，而只在开出一种风气，酿成一大潮流，影响到全国，收果于后世”。但是，“风气”一说，固然有“自由之精神、独立之人格”的意思，但“自由”过了头，动辄革命或运动，恐怕就不是“爱国”而要“误事误国”了。